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Int J Mol Sci | m6A甲基化修饰对糖尿病小鼠认知功能障碍的调控机制

发布时间:2024-08-02
N6-甲基腺苷(m6A)是真核动物制品mRNA中偏必要的转录后绘制,在真核动物制品的病症和生理上工作中起着至关必要的功用。高血压的认知障碍性一种不可逆转的中枢精神精神设备退行性常见疾病,迄今为止开发这些切缘由还完完全全具体分析,还有短缺有效的的改善和诊治的方式。

2024年2月6日,北京大学医学部联合首都医科大学附属北京朝阳医院在International Journal of Molecular Sciences上发表题为“Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice”的研究文章。研究人员探讨了高脂肪饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化的相关机制。该成果中拜谱微生物为其提供m6A甲基化定量分析水平贴心服务,为糖尿病小鼠高脂肪饮食诱导的认知功能障碍机制提供了新的线索。

好文章明称:Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice(Int J Mol Sci.,IF=6.2,2024.2)

加盟商的单位:北京大学医学部、首都医科大学附属北京朝阳医院

探讨原材料:小鼠脑组织

拜谱能提供技术水平:m6A甲基化(MeRIP-seq)

引言图:

图1| 内容提要图(图源:Zhaoming Cao, et al., Int J Mol Sci., 2024)

钻研后果

1.DCI小鼠海马中m6A基因组绘制的变动

论述工作员关键在于建造了高脂吃饭和看法缺陷(DCI)的小鼠对模型。为相当较组(n = 3)和DCI组(n = 3)期间的m6A表观遗传遗传遮盖,论述工作员选用MeRIP-seq展开了转录组标准内的m6A-seq具体分析。在DCI组的10664个简码表观遗传遗传转录物(mRNAs)中国国民党得知较组的23713个不交叠的m6A峰。相信之余,DCI组表现形式出23,753个非交叠m6A峰。表中,9341个甲基化表观遗传遗传在较组和DCI组期间交叠(图2)。

图2| 比组和DCl组m6a淡化基因组的维恩图

共监定出127八个差距甲基化的m6A位点(DMMSs),之中60.88%(778/1278)和39.12%(500/1278)的甲基化程度分别是正相关多于相较比较组。进行分析其地理布局范围事情出现m6A峰地理布局范围在大部分RNA中(图3A),并按照其其地理布局范围的转录地域包括下面五组:5'UTR、3'UTR、转录起讫位点地域细节描写、结束秘码子细节描写、起讫秘码子细节描写和商品代码字段(CDS)。m6A峰的在3'UTR、CDS和结束秘码子附进正相关生物富集(图3B)。关键在于分析考评以下dna上m6A呈现的地域,实验员工选择了有峰注音的地域,并测得了以下dna上reads的合并率。在DCI组中,m6A呈现区喜爱于3'UTR区(图3C)。几乎所有mRNA内的DMMS都被定位系统到染料法体上前分析考评其地理布局范围慨况。差异小鼠染料法体的m6A呈现谱差异。

图3| 小鼠海马中m6A甲基化图谱的变更

为了能质量检验m6A突显在DCI小鼠中的菌物学的功能,研究方案人从几组选定择有DMMS的血清质代码dna展开GO和KEGG阐述(图4A)。在GO阐述中,高甲基化dna在神经元方式、菌物方式国家宏观调控、离子液体抗逆性和杂环无机物切合中不错含有。KEGG通道阐述展现信息,高甲基化dna与T神经元多巴胺多巴胺受体卫星无线表现通道、小神经元非小生殖细胞肺癌和RIG-I样多巴胺多巴胺受体卫星无线表现通道一些(图4B)。对低甲基化dna,GO阐述展现信息在神经元方式、分泌方式和切合方式中不错含有无机环无机物、切合杂环无机物和离子液体抗逆性(图4C)。KEGG通道阐述阐释了低甲基化dna与肥厚性心肌病和Hippo卫星无线表现通道的相关(图4D)。

图4| 文化差异甲基化m6A位点的径路含有

2.m6A MeRIP-Seq和RNA-Seq资料的协同讲解

接下来探析职工将m6A MeRIP-Seq的数据库表格和事先RNA-Seq的数据库表格进行协力探讨,会发现163个mRNA,m6A峰和mRNA程度有效发生变化。41种mRNA的m6A和mRNA程度上浮,14种mRNA程度上涨。不仅,30个DNAmRNA呈现上浮,m6A程度上涨,7七个DNAmRNA呈现上涨,m6A程度上浮(图5A)。末尾,勾勒一个多个PPIwifi网络来出现163个DNA项目编码的血清之間的联系(图5B)。

如下6如下,GO和KEGG数据分享构成四组:(1) m6A上浮,mRNA调低;(2) m6A上浮,mRNA上浮;(3) m6A调低,mRNA调低;(4) 染色体m6A调低和mRNA上浮。在GO数据分享中,m6A上浮和mRNA调低的染色体在脑神经癌细胞核核排泄转化进程、果香族空气非金属氧化物物菌物合并进程和RNA排泄转化进程的监测中有效丰度。KEGG数据分享屏幕上体现,这样染色体在蛋白酶质酸排泄转化、小脑神经癌细胞核核肺腺癌、丙酸排泄转化和异丙醇酸排泄转化中丰度。面对m6A上浮和mRNA上浮的染色体,GO数据分享屏幕上体现在亚铁构建在一起实际、亚胺丙氨酸脱羧酶特异性、天冬氨酸1-脱羧酶特异性和脑神经癌细胞核核链接主装负监测中丰度;KEGG数据分享屏幕上体现在2型糖尿病的风险、蛋白酶质脑神经癌细胞核核要素走势环路和胰岛素走势环路中丰度。在GO数据分享中,m6A调低和mRNA调低的染色体在寡肽构建在一起实际、谷胱甘肽构建在一起实际和二硫空气非金属氧化物物空气氧化物回归酶特异性中丰度,而在KEGG数据分享中,植物的根在百香果酸反复往复(TCA反复往复)、丙酸排泄转化和多动物群凋亡中丰度。在GO数据分享中,m6A调低和mRNA上浮的染色体在胚胎骨膝盖骨要素發生、蛋白酶激酶特异性激活码和NADP排泄转化进程中丰度,在KEGG数据分享中,m6A调低和mRNA上浮染色体在新霉素、卡那霉素和脑神经营养健康要素走势环路中丰度。

图5| m6A甲基化与mRNA传达的联合技术定量分析

图6| 163个DEGs和DMMS的GO和KEGG概述

拜谱菌物工作小结

本研究表明高脂饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化。这些改变导致与神经退行性疾病相关的基因甲基化模式的改变,特别是在小鼠的海马区。这些发现为高脂肪饮食诱导糖尿病小鼠认知功能障碍的机制提供了新的见解,可能为糖尿病诱导的海马病变提供新的治疗策略。这一过程中拜谱生物制品提供了m6A甲基化技巧提供服务,拜谱怪物可提供完善成熟的蛋白质组学、消化吸收组学、转录组学相应两组学合力服务的方法服务的,欢迎致电咨询!

学习论文资料:Cao Z, An Y, Lu Y. Altered N6-Methyladenosine Modification Patterns and Transcript Profiles Contributes to Cognitive Dysfunction in High-Fat Induced Diabetic Mice. Int J Mol Sci. 2024. doi: 10.3390/ijms25041990.

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