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Nature Plants(IF=15.8)| SUMO修饰蛋白质组新方法提出!构建全新SUMO化蛋白质组数据库!

发布时间:2024-09-25
SUMO化遮盖是一个种注重的翻譯后遮盖,SUMO原子使用在E1碱化酶、E2通过酶和E3联接酶的参入下共价通过真的物球淀粉酶酶酶赖氨酸残基上,在把握值物滋生、营养摄入数据信号除极和胁迫不起效果中起着注重效果。SUMO化球淀粉酶酶酶和SUMO遮盖进程中相关的酶的不足都会产生值物滋生出错甚至是死,这表达SUMO化遮盖在调值物滋生儿童生长发育进程中起着核心区效果。基于当今在值物中被评定出的SUMO化球淀粉酶酶酶需求量较少,有时候SUMO 化在值物中的丰度较低且动图性较高,故此评定SUMO化球淀粉酶酶酶和 SUMO化位点是非常兼有对决性的。

2024年9月18日,南方科技大学的王鹏程教援(拜谱生物制品相互合作科学课家)及其研究团队在Nature Plants上发表了题为“Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis”的研究论文。该论文通过向拟南芥sumo1 sumo2突变体中插入赖氨酸缺失的SUMO1基因(K0-SUMO1),以搭建打了个种几步赖氨酸缺损SUMO生物富集步骤,创设了全新的的常绿植物SUMO化脂肪酸质组数据分析库,为进一步探索SUMO化如何调节蛋白质功能提供了宝贵资源。

英语翻译选择题:Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis

常常填空题:拟南芥中高度敏感的位点特异性SUMO化蛋白质组学

投稿杂志期刊:Nature Plants

会影响细胞:15.8

理论研究基本思路

图1设计思绪图

分析效果

01、拟南芥K0-SUMO1营养素质成分析

先前的研究表明sumo1-1、sumo2-1双突变体是没有办法正常发育的,因此作者先将K0-SUMO1基因片段导入sumo1-1、sumo2-1双突变体中,发现植物生长基本正常,并且通过Western Blot实验观察到K0-SUMO1植物中的蛋白可能具有功能性。因此,小说作者进一步的一个脚印凭借优化网络的2步亲和丰度的方式进行质谱讲解,共鉴定到2000+个独特的SUMO化位点、1300个SUMO化蛋白,其中拟南芥SUMO化位点的位置更加多样化,会发生在不同的基序上,与其他真核生物不同。SUMO化蛋白质组的GO功能分析发现检测到的蛋白质主要在不同的核过程发挥作用,包括基因沉默、基因调控以及DNA修饰和修复。

图2 SUMO化修饰语蛋白酶质组(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

02、SUMO化体现血清和位点的验正

为了让核验意向的SUMO1核蛋白,本研究通过原核表达系统获得重组SUMO化蛋白,并开展了体内进行实验。作者随机选择了九个候选蛋白,通过免疫印迹法发现在SUMO1蛋白存在的情况下,这些候选蛋白都可以发生SUMO化。随后使用野生型和位点突变的重组SUMO1蛋白进行了体外SUMO化实验,以印证SUMO化修饰语位点,实验结果表明多个鉴定到的底物位点在体外仍可以发生SUMO化修饰。综上所述,SUMO化位点的定点突变和体外SUMO化实验进一步验证了组学方法鉴定结果的准确性。

图3 SUMO化血清和位点的体内核实(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

03、热勾起淀粉酶质组的降钙素原检测相比

前面的实验结果发现在高温胁迫的拟南芥幼苗中鉴定出了1300个SUMO化蛋白。为了进一步评估SUMO化修饰如何调节蛋白质功能,本研究通过TMT球营养素组学比较了热应激前后潜在SUMO化蛋白丰度变化。结果发现在30分钟热应激后,有1,666个和429个蛋白质分别显示出明显上调和下调。在SUMO化的底物中,共鉴定出435个蛋白质,其中有128个蛋白质上调,16个蛋白质下调。因此,这些结果表明SUMO化修饰可能与目标蛋白质的稳定性增加相关。

图4 针对TMT的定量分析蛋白酶质组学(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

拜谱总结

本研究从球蛋白质含量组的分析角度提供了关于SUMO化作用的生物学功能和位点特异性的信息。通过将赖氨酸缺失突变体SOMO1(K0-SUMO1)引入转基因拟南芥,以确立这种敏感度较高的SUMO化血清纯化和质谱验测措施。这种方法从热处理的KO-SUMO1幼苗的1300个SUMO1蛋白中鉴定出超过2200个SUMO1化位点,并通过体外实验验证了方法的准确性,显著地加深了我们对植物SUMO1的理解。热激发球蛋白一定量会比较表明SUMO化修饰增强了SUMO1受体的稳定性。总之,本研究为SUMO化修饰的检测提供了新的方法,为探索SUMO化蛋白功能奠定了重要基础。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司,可提供蛋白组、修饰组、代谢组、转录组、时空组等组学产品,SUMO化体现核蛋白酶组当做公司独特体现服务,适用极有效率的含有能力、顶尖的Astral实验仪器可满足SUMO化核蛋白酶和位点的高重量量查出。此外,王鹏程讲师有所作为拜谱科研顾问团一员,在车辆产品开发的过程 中为贵公司保证专注建意和指导性,以更好的产品回馈大家,欢迎大家咨询!

借鉴期刊论文:Sang T, Xu Y, Qin G, et al. Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis. Nat Plants. 2024;10(9):1330-1342. doi: 10.1038/s41477-024-01783-z.

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